Η ΔΙ.Μ.Ε.Α. συνεργάζεται επιχειρησιακά και ανταλλάσσει πληροφορίες με άλλες υπηρεσίες της χώρας και αντίστοιχες υπηρεσίες άλλων κρατών της Ευρωπαϊκής Ένωσης και διεθνείς ενώσεις και οργανισμούς και μπορεί να συγκροτεί ομάδες εργασίας ή επιτροπές για θέματα ελέγχου της αγοράς και αντιμετώπισης του παράνομου εμπορίου, συμπεριλαμβανομένου και του παράνομου ηλεκτρονικού εμπορίου.

Παράλληλα δύναται να συνάπτει μνημόνια, συμφωνίες συνεργασίας και προγραμματικές συμβάσεις με άλλους φορείς του δημοσίου ή του ιδιωτικού τομέα, καθώς και με διεθνείς οργανισμούς για την εν γένει αντιμετώπιση του παράνομου εμπορίου και τον έλεγχο της αγοράς.